Przywilej lokacyjny miasta Bydgoszczy znany jest z zapisków datowanych na 1346 r., wówczas pojawia się też określenie obowiązków rady miejskiej – konstytucji miejskich. Obok rady funkcjonował również burmistrz, wzmianka o tym urzędzie w Bydgoszczy pochodzi z 1362 r., szesnaście lat po wydaniu przywileju królewskiego o lokacji osady. W tym czasie powstała kancelaria miejska, prowadząca księgi miejskie. Posługiwano się łaciną, trochę niemieckim, a w późniejszym okresie średniowiecza pisma wydawano w języku polskim.
Burmistrz piastował swoje stanowisko przez kilka lat. Wybierany był najczęściej spośród kręgów kupieckich, z najzamożniejszych rodzin miejskich. Wybierano także ławników i członków sądu miejskiego. Urząd burmistrza jako nazwa, działała do XVIII w. kiedy to zaczęto nazywać burmistrza prezydentem.
W 1637 r. król Władysław IV Waza nadał Bydgoszczy przywilej pieczętowania pism i dokumentów miejskich czerwonym lakiem, który to przywilej posiadały nieliczne miasta koronne (np. Gdańsk, Kraków, czy Warszawa).
Ważnym czynnikiem rozwoju miasta stał się konflikt z Krzyżakami w XV w. Bydgoszcz była niemal miastem pogranicznym, które przyciągało uwagę Zakonu z powodów strategicznych. Król Władysław Jagiełło, przeczuwając zbliżającą się wojnę (1409-1411) gromadził potrzebne środki do przetrwania: broń i żywność, w które zaopatrywał zamki, w tym również Bydgoszcz. Siły krzyżackie (komturowskie z tucholskiego i człuchowskiego) rozpoczęły atak na Kujawy. Pierwszym poważniejszym punktem oporu stał się dla Krzyżaków zamek w Bydgoszczy. Część mieszczan widząc nadchodzące rycerstwo niemieckie ukryło się w lasach. Załoga zamku dowiedziawszy się o marszu wojsk krzyżackich na Bydgoszcz postanowiła uprzedzić ich atak. W tym celu zorganizowano wypad części załogi w kierunku Świecia (27 sierpnia 1409). Fortel udał się, Krzyżacy byli całkowicie zaskoczeni atakiem Bydgoszczan, do niewoli trafił komtur świecki Henryk von Plauen. Nastąpił kontratak Zakonu, komtur został odbity a załogę zmuszono do poddania się. Nad warownią bydgoską pojawiły się chorągwie krzyżackie, komtur Henryk von Plauen zmusił Bydgoszczan do przysięgi wierności Zakonowi.
Władysław Jagiełło ruszył na ratunek miastu granicznemu. Oblężenie rozpoczął 28 września 1409 r. Po przygotowaniach wojsko polskie rozpoczęło ostrzał artylerii. Równocześnie część wojsk królewskich penetrowała obszary położone na północ od Bydgoszczy, w celu odcięcia załogi krzyżackiej w Bydgoszczy od pomocy z zewnątrz. Załoga krzyżacka nie wytrzymała szturmowi polskiemu i poddała się 6 października. Bydgoszcz była wolna.
Król rozkazał naprawić szkody po walkach, zamek i starostwo powierzył wojewodzie brzesko-kujawskiemu Maciejowi z Łabiszyna. Po przybyciu poselstwa czeskiego doszło do rozejmu obowiązującego do 24 czerwca 1410 r.
Król zaopatrzył zamek w czasie rozejmu o dodatkową broń i załogę łuczników. Wiosną dowódcą zamku został mianowany przez króla Władysława, Jan Brzozogłowy, herbu Grzymała. Zdolny rycerz i taktyk wkrótce zaszedł za skórę wrogowi, organizując liczne zasadzki i tocząc potyczki z krzyżakami, z których wychodził zwycięsko. Aktywność Jana doprowadziła Krzyżaków do wzmocnienia załogi w Świeciu, co przyczyniło się do osłabienia sił niemieckich przed bitwą pod Grunwaldem. Po sukcesie grunwaldzkim, Brzozogłowy opanował zamek w Tucholi. Jesienią Zakon pod rządami nowego mistrza Henryka von Plauena przystąpił do walk odzyskanie utraconych zamków.
Tucholę oblegało wojsko pod dowództwem wójta nowomarchijskiego. Zamek Krzyżacy zdobyli podstępem. Starosta bydgoski, zapewniwszy sobie honorowe warunki poddania zamku, pomaszerował na czele uzbrojonej załogi do Inowrocławia, gdzie rezydował król.
Z początkiem 1411 r. Jan rozpoczął działania nękające Krzyżaków. Na czele części załogi zamku bydgoskiego uczynił podjazd w kierunku Papowa Biskupiego pod Toruniem, skąd uprowadził do Bydgoszczy konie wielkiego mistrza i jego towarzyszy. Wkrótce doszło do zawarcia traktatu pokojowego w pobliskim Toruniu (1 lutego 1411 r.).
Konflikt z Zakonem nie zakończył się w 1411 r. Kolejny wojny wybuchały w latach 1419-22, następny konflikt miał miejsce w 1431 r. wówczas zamek w Bydgoszczy był bardzo dobrze przygotowany do obrony i armia maszerująca na Kujawy nie zdecydowała się oblegać warowni. Dopiero po spustoszeniu Kujaw Krzyżacy postanowili zaatakować Bydgoszcz. Doszło jednak do rozejmu między Jagiełłą i Świdrygiełłą. Dwa lata później oddziały bydgoskie ze starostą Dobiesławem Puchałą ostrzelały ogniem artyleryjskim zamek w Jasińscu. Wojnę zakończył pokój w Brześciu Kujawskim zawarty 31 grudnia 1435 r.
W interesie mieszczan było doprowadzić handel nie skrępowany ograniczeniami natury pozagospodarczej. W tym aspekcie zgadzała się również szlachta. Nowy wojewoda Mikołaj, prowadził politykę antykrzyżacką. Posiadał do tego spore zaplecze, w jego władaniu było Gniewkowo, starostwo z miastem Fordonem i Solec Kujawski, a także Inowrocław i Nieszawa. Siła tych miast i Bydgoszczy sprawiała, że podskarbi koronny Mikołaj dysponował całkiem niezłym zapleczem obronnym i gospodarczym. Po 1453 r. naturalne stało się, że Krzyżacy zaczęli zabiegać o poprawę stosunków z królem polskim. Swoje kroki skierowali do Mikołaja, na zamku w Bydgoszczy pojawiła się delegacja krzyżacka z komturem Starogrodu na czele (1454 r.). Mikołaj Szarlejski zgodził się na rozmowy. Mimo wszystko doszło do konfliktu i wojny w 1454 r.
Nieudane oblężenie Chojnic doprowadziło do schwytania Mikołaja Szarlejskiego i Łukasza Górki, wojewody poznańskiego. Zamknięto ich w lochach zamku malborskiego. Starosta bydgoski wrócił z niewoli wiosną 1455 r. Był załamany psychicznie. Szarlejski uzyskał przebaczenie królewskie i nadanie w postaci Tucholi. Na jesień 1455 r. na zamek bydgoski przybyło poselstwo cesarza Fryderyka II z propozycją mediacji cesarskiej.
Wiosną 1457 r. Mikołaj zrezygnował z Bydgoszczy na rzecz Jana Kościeleckiego herbu Ogończyk (27 marca 1457 r.). Aż do 1600 r. starostami i kasztelanami bydgoskimi byli Kościeleccy, którzy trzymali w swoich rękach starostwo bydgoskie przez 143 lata.
W 1461 r. Bydgoszcz była miejscem koncentracji polskiego pospolitego ruszenia. Pod koniec wojny trzynastoletniej, w 1465 r. odbyły się w mieście rokowania króla z księciem zachodniopomorskim Erykiem I. Po zawarciu traktatu z Erykiem w 1466 r. zjawił się w Bydgoszczy dowódca zaciężnych wojsk krzyżackich Bernard Szumborski, który zaproponował rozmowy pokojowe, mające na celu zakończenie wojny. Rozpoczęte w Bydgoszczy rozmowy sfinalizowano zawarciem traktatu pokojowego w Toruniu, w salach Dworu Artusa 19 października 1466 r.
Dla Bydgoszczy postanowienia II pokoju toruńskiego były bardzo istotne. Korona polska osiągnęła wybrzeże morskie po przyłączeniu Pomorza Gdańskiego. Bydgoszcz stała się centrum państwa polskiego, nie było już przeszkody na Wiśle, którą stanowił opór krzyżacki, co otwierało swobodny handel drogą rzeczną dla miasta.
Zwycięstwo Polski w wojnie trzynastoletniej odsuwało od miasta groźbę ze strony państwa zakonnego. Po 130 latach walki, agresja krzyżacka zaczęła wygasać. Polska aż do konfliktu ze Szwedami prężnie się rozwijała.
Opracowanie B. Grabowski, źródła: R. Kabaciński, W. Kotowski, J. Wojciak, Bydgoszcz zarys dziejów, pod. Red. R. Kabaciński, Bydgoszcz 1980; Encyklopedia Bydgoszczy, t. 1. praca zbiorowa pod red. W. Jastrzębski, Dział Archeologia, TMMB, Bydgoszcz 2011; Czachorowski Antoni (red.), Atlas historyczny miast polskich. Tom II Kujawy. Zeszyt 1, Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Bydgoszcz-Toruń 1997; Biegański Zdzisław (red.), Dzieje Fordonu i okolic, Kujawsko-Pomorskie Towarzystwo Kulturalne, Bydgoszcz 1997; Biegański Zdzisław, Jastrzębski Włodzimierz (red.), Bydgoszcz jako ośrodek administracyjny na przestrzeni wieków. Zbiór studiów, Bydgoszcz 1998; Biskup Marian, Wojny Polski z Zakonem Krzyżackim 1308-1521, Marpress, Gdańsk 1993; Encyklopedia Historii Gospodarczej Polski do 1945 roku, Wiedza Powszechna, Warszawa 1981; Gierszewski Stanisław, Wisła w dziejach Polski, Wydawnictwo Morskie, Gdańsk 1982; Guldon Zenon, Rozmieszczenie własności ziemskiej na Kujawach w II połowie XVI w., Roczniki Towarzystwa Naukowego, Toruń 1964; Śliwiński Błażej, Pogranicze kujawsko-pomorskie w XII-XIII wieku, z dziejów Bydgoskiego i Wyszogrodzkiego w latach 1113-1296, Państwowe Wydawnictwo Naukowe, Warszawa-Poznań 1989; Zajączkowski Stanisław, Polska a Zakon Krzyżacki w ostatnich latach Władysława Łokietka, Towarzystwo Naukowe, Lwów 1929.


















