W październiku 1806 r. wybuchła wojna między Francją a Prusami. Działania wojenne prowadzone z powodzeniem przez wojska francuskie obudziły w społeczeństwie polskim nadzieje na odzyskanie niepodległości. W wyniku tej wojny wojska francuskie zajęły Prusy a generał Jan Henryk Dąbrowski Poznań i Kujawy. Wkraczające do Polski armie entuzjastycznie witała patriotyczna ludność miejska oraz drobna i średnia szlachta. Również chłopi widzieli w nich wybawicieli i mieli nadzieję, że Francuzi wyzwalają ich z poddaństwa i pańszczyzny.
Dnia 3 listopada 1806 r. Jan Henryk Dąbrowski i Józef Wybicki wydali odezwę do narodu polskiego, w której wzywali Polaków do uformowania 30-40 tys. armii. Liczba ta nie przeraziła rodaków, odwrotnie – wzmocniła ich nadzieje. Ośrodkiem przygotowań powstańczych stał się Poznań. Radość swoją ludność wyrażała samorzutnym zrywaniem orłów pruskich, tworzeniem oddziałów zbrojnych, pomagając tym samym nadchodzącym wojskom francuskim w pokonaniu wroga.
Dnia 14 listopada 1806 r. marszałek francuski Louis Davoout wydał manifest, w którym w imieniu Napoleona zawiadamiał Polaków o uwolnieniu ziem polskich spod panowania pruskiego. W lipcu 1807 r. w Tylży zawarty został pokój między Francja a Prusami, w wyniku którego utworzone zostało Księstwo Warszawskie. W skład Księstwa weszła również prowincja kujawska.
Na ludność polską w okresie istnienia Księstwa Warszawskiego nałożono dodatkowe podatki i ciężary. Na uchwalenie nowych podatków wpłynęła wojna, do której doszło między Francją a Austrią w 1809 r. Zwiększone zostały wymagania od ludności, wzrosły potrzeby wojska. Szczególnie mieszkańcy miast odczuwali dodatkowo takie ciężary, jak obowiązek dostarczania podwód urzędnikom i wojsku oraz bezpłatne kwaterowanie wojska w domach prywatnych.
W czasie prowadzenia działań wojennych w 1809 r. Brześć Kujawski był bezpośrednim terenem, przez który przechodziły wojska walczących stron. 12 maja tegoż roku od strony kowala wkroczyła do miasta brygada wojska austriackiego pod dowództwem generała Mohra. Brygada ta nie napotykając na przeszkody udała się następnie w kierunku północno-zachodnim w celu uderzenia na „szaniec mostowy pod Toruniem”.
W trzy lata później rozpętała się wojna między Francją a Rosją. Działania wojenne prowadzone w tym okresie stały się przyczyna dalszego upadku ziem polskich. Bardzo ucierpiały Kujawy, które stanowiły główny trakt wojenny, którym kilkakrotnie przemaszerowały wojska. Nie minęły one i Brześcia Kujawskiego udając się na Moskwę. Wyrządziły wiele zniszczeń w mieście. Na magazyn wojskowy zamieniona została fara. Wojska francuskie kwaterujące po miastach zmuszały ludność do utrzymywania i wyżywienia ich, ściągały duże kontrybucje, traktowały kraj jak podbite ziemie. Magistrat Brześcia Kujawskiego przez długie lata nie był w stanie pokryć długów zaciągniętych u ludności świadczącej na rzecz wojsk francuskich. Wielu mieszkańców Kujaw powołanych zostało do wojska, wielu z nich musiało zostawić gospodarstwa i iść w nieznane. Ci którzy wrócili z wojny zastali swoje gospodarstwa zniszczone i na nowo musieli je odbudowywać.
Kampania 1812 r. zakończyła się klęską napoleona. W styczniu i lutym 1813 r. na tereny Księstwa Warszawskiego wkroczyła armia rosyjska. Tym samym zaprzestały działalności centralne władze Księstwa i nastąpił faktyczny jego upadek. 13 marca 1813 r. naczelne dowództwo wojsk rosyjskich powołało Radę Najwyższą tymczasowa, jako naczelną władzę cywilną okupowanego Księstwa, której podporządkowany został dotychczasowy aparat administracyjny. Przed narodem polskim wyeksploatowany przez Napoleona stanęła wielka niewiadoma. O jego losie zadecydować miały zwycięskie monarchie, które w tym celu zebrały się w Wiedniu.
Opracowanie Bartłomiej Grabowski, źródła: Opracowanie Bartłomiej Grabowski, źródła: artykuł T. Kieloch, Położenie miasta i jego rozwój przestrzenny, w: Monografia Brześcia Kujawskiego, pod red. B. Głębowicza, Włocławek 1970; PAP Włocławek, Rachunek kasy, s. 54 - jeszcze w 1838 r. kasa magistratu miasta Brześcia Kujawskiego nie wypłaciła mieszczaninowi Mahnowi zaległej kwoty 2425 zł 13 gr za dostarczony przez niego w latach 1806-1809 furaż dla wojsk francuskich.
